Oblasť bola osídlená už v dobe rímskej, keď sa tu objavili v roku 1949 zvyšky rímskej osady typu villa rustica. Prvá písomná zmienka o Čunove je z roku 1232. Po roku 1235 bolo celé okolie spustošené Tatármi.

V 14. storočí bola oblasť hranicou medzi dolným a horným Uhorskom. Pôvodné názvy Chunn, nemecky Sarndorf, maďarsky Csún. Turci tvorili pre oblasť ďalšiu pohromu, na územie sa sťahovali Chorváti, (prevažná časť majetkov patrila zemanovi Gašparovi de Chun z rodu Horwáthovcov), keď situácia na juhu bola vďaka tureckým nájazdom oveľa zložitejšia.

Po odchode Turkov bola obec v 16. storočí osídľovaná Chorvátmi, ktorých vláda lákala na nové územia rôznymi daňovými úľavami.

Za Márie Terézie sa vďaka jej urbariálnemu patentu a tereziánskemu katastru založili pozemkové knihy vlastníkov, zaviedli sa svetské matriky a začali sa písať priezviská, preto sa vie, že v Čunove žilo 716 osôb. Po zrušení poddanstva získal miestne pozemky gróf Emanuel Zichy, v roku 1905 ich odkúpil gróf Lónay, druhý manžel belgickej princeznej Stephanie (bola nevestou cisára Františka Jozefa I.).

Obec bola ku Slovensku pripojená spolu s Jarovcami a Rusovcami podľa Parížskej dohody k Československu v roku 1947. Dovtedy patrila po 1. svetovej vojne Maďarsku. K Bratislave bolo Čunovo pripojené v roku 1972…